Ανοίγουμε τη συσκευασία, ξεπλένουμε τα καλαμαράκια σε τρεχούμενο νερό και τα αφήνουμε να στραγγίσουν καλά. Αφαιρούμε το κεντρικό διάφανο κόκαλο.

Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 220°C. Πλένουμε τα λαχανικά. Καθαρίζουμε τις πατάτες και τις κόβουμε σε λεπτές φέτες. Καθαρίζουμε τα κρεμμύδια και τα κολοκυθάκια και τα κόβουμε σε λεπτές φέτες. Κόβουμε σε λεπτές φέτες τις πιπεριές. Αλατίζουμε όλα τα λαχανικά.

Απλώνουμε τη τομάτα στο σκεύος που θα χρησιμοποιήσουμε. Tοποθετούμε τα λαχανικά σε σειρά, σφιχτά. Τα ραντίζουμε με το ελαιόλαδο και μοιράζουμε το θυμάρι ανάμεσά τους. Ψήνουμε για περίπου 40′ ή μέχρι τα λαχανικά να μαλακώσουν. Όταν είναι έτοιμα βγάζουμε από τον φούρνο το σκεύος και βάζουμε τα καλαμαράκια ανάμεσα στα λαχανικά. Επιστρέφουμε το φαγητό στο φούρνο και το αφήνουμε για ακόμη 10′. Μπορούμε να σερβίρουμε αμέσως ή σε θερμοκρασία δωματίου.